L'ascesa della Chiesa in Italia come elemento di potere e di salvaguardia del patrimonio culturale della civiltà classica ha inizio nel IV-V secolo d.C., quando nell'occidente devastato dalle incursioni barbariche solo le strutture ecclesiastiche sono all'altezza dei compiti amministrativi, ai quali si dedicheranno con continuità fino al XV secolo. Tappe fondamentali di questa dominazione incontrastata o quasi sono: la "donazione di Costantino", addotta nel IX secolo da Niccolò I a difesa del potere temporale e smentita nel periodo umanistico-rinascimentale, la chiara affermazione da parte di Innocenzo III del ruolo subordinato alla Chiesa dell'autorità laica, le crociate contro gli Arabi per l'affermazione del ruolo centrale della Cristianità nel mondo, la bolla "Unam Sanctam" di Bonifacio VIII. L'eccessiva interferenza della Chiesa con il potere politico e la sua conseguente mondanizzazione ha come conseguenze principali da una parte il tentativo del papato di liberarsi dalle ipoteche imperiali, dall'altra la nascita tra l'XI ed il XIII secolo di fermenti religiosi alla ricerca di un rinnovamento. Inoltre con il dissolversi dell'economia curtense la plebe rurale non si trova più vincolata da obblighi feudali, ma è sottomessa dagli indebitamenti con la borghesia cittadina, dalla pressione fiscale dei comuni e dalle pretese della Chiesa. Scaturiscono, quindi, una miriade di moti che legano ideali religiosi a speranze egualitaristiche, più o meno riconosciuti dal papato, e che finiscono spesso con il legarsi a forme ereticali, diffuse in maniera più intensa nelle campagne tra la popolazione più umile. Una delle correnti che maggiormente si distacca dall'ortodossia cattolica è quella "valdese", alla ricerca del raggiungimento dei propri obiettivi riformistici senza l'impiego di metodi estremi e rivoluzionari. I seguaci del movimento, derivante da Pietro Valdo, si vantano di essere gli unici ad imitare realmente l'esempio di Cristo e a vivere la dottrina evangelica degli Apostoli, in pieno contrasto con il clero mondanizzato, che vive nell'abbondanza. I valdesi diventano, quindi, presto soggetto della scomunica di papa Lucio III. Considerati degli "idioti illetterati", li caratterizza proprio il disprezzo per la cultura contemporanea, un patrimonio intellettuale che non appartiene loro. Analoga origine ha il movimento degli Umiliati, che per sfuggire alla Milano "corrotta" si dedica alla vita monastica chiudendo i rapporti con il mondo esterno. La loro fede nel Cattolicesimo è pressoché completa, anche se il papa, riconoscendo loro la decisione di vivere in comunità, gli impedisce la predicazione in pubblico. Più fortunata sarà la loro sorte, rispetto a quella dei valdesi, quando papa Innocenzo III ufficializzerà l'esistenza di tre loro ordini monastici. Proprio Giovanni Lotario di Segni, eletto papa col nome di Innocenzo III,  sarà, infatti, deciso nella persecuzione delle sette ereticali, ma nello stesso tempo  anche disposto , là dove possibile, ad integrare nell'ortodossia i nuovi movimenti riformatori. Da una parte egli bandirà, quindi, due crociate, una delle quali diretta a colpire l'eresia degli albigesi nella Francia meridionale, dall'altra approverà nei primi anni del 1200 l'ordine religioso fondato da San Francesco, mosso come tanti altri da ideali di povertà, carità, rifiuto dei privilegi. Il disprezzo per l'ozio guida la comunità francescana ad una vita di fatiche, lavoro e rigidi regolamenti. Ma anche l'impenetrabile assiduità dei Francescani è percossa dalla morte del loro ministro, una delle fasi più incerte della vita di San Francesco, ma anche di maggior rilevanza per comprendere il destino dell'ordine. In particolare un alone di mistero circonda la sua ultima decisione inerente al suo successore. Le informazioni, derivanti da fonti più o meno vicine al Santo, mostrano infatti numerosi elementi discordi. Tommaso da Celano, primo biografo di San Francesco, si mostra propenso a credere che frate Elia sarebbe stato chiaramente indicato come nuovo ministro dell'ordine. Gli "Actus", volgarizzati nei "Fioretti", sono favorevoli ad una visione contraria alla nomina di Elia, a vantaggio di frate Bernardo. Infine una delle maggiori fonti è rappresentata da Angelo Clareno, dai cui dati non emerge affatto la presenza di frate Elia durante l'ultima benedizione di San Francesco. Sotto un certo aspetto le tre fonti sarebbero tutte inattendibili, Tommaso da Celano per la sua responsabilità nella stesura di un documento ufficiale riguardante un ordine già in decadimento, gli "Actus" perché originari delle Marche dove maggiore è l'opposizione a frate Elia, Angelo Clareno perché è impossibile l'assenza negli ultimi istanti del santo di Elia, autore della prima lettera al mondo nella quale si descrivono le stigmati di San Francesco in punto di morte. Si giunge quindi alla conclusione che egli avrebbe destinato frate Elia a far rispettare la "Regola" dell'ordine, mentre avrebbe indicato fra Bernardo come successore spirituale e depositario del suo "Testamento spirituale", convinto che non bastasse la Regola ma che fosse necessaria l'eredità di un esempio di vita. Il suo tentativo, però, di risolvere i dubbi sul futuro della confraternita non ha successo, e genera la nascita di due tendenze: i conventuali con il loro lassismo, gli spirituali con il loro eccessivo rigore. Come parte dei Valdesi e degli Umiliati, anche gli spirituali entrano presto in contrasto con il papa, predicando ideali pauperistici ponendo la Regola ad un livello più alto dell'obbedienza alla Chiesa di Roma. Essi vengono prima considerati scismatici, poi eretici e condannati al rogo. Sono questi i cosiddetti "Fraticelli", che assumono all'interno dell'ordine una posizione di dissenso e di difesa dei valori originari della povertà e dell'ascetismo. Proclamatisi gli unici eredi di San Francesco e modello dei veri cattolici, considerano eretica l'intera Chiesa e ne rifiutano i decreti, con la conseguente persecuzione da parte di Giovanni XXII agli inizi del 1300. Tra questi vi sono i Fraticelli marchigiani di Angelo Clareno, di Pietro Giovanni Olivi e di Ubertino da Casale, citato da Dante Alighieri nel canto della "Divina Commedia" dedicato a San Francesco, ed identificato come colui che "coarta" la Regola, in contrapposizione con Matteo d'Acquasparta che la "fugge". Dante è uno dei pochi personaggi in grado di comprendere, con la sua apertura mentale, il suo amore per la giustizia e la sua opposizione alla corruzione della Chiesa, il sentimento che muove San Francesco. Se Dante condannava la confusione tra potere spirituale e temporale difendendo l'autonomia del potere imperiale rispetto a quello papale, altri teorici politici interverranno a condannare l'ingerenza della Chiesa nella vita politica non in difesa dell'impero, ma degli stati nazionali. Nel caso del XIII secolo nasce, infatti, una forte tendenza da parte degli stati a limitare i poteri della Chiesa, non tanto per ideali religiosi in opposizione alla mondanizzazione ecclesiastica, quanto per puro interesse politico e del laicato: tali tentativi hanno la loro conseguenza estrema nella lotta tra il sovrano francese Filippo il Bello e Bonifacio VIII. L'analogia tra il pensiero dei monarchi europei e quello degli spirituali dà origine ad un'alleanza che vede legati Filippo di Maiorca ed Angelo Clareno, Ludovico il Bavaro e Guglielmo da Occam, Roberto d'Angiò ed altri Fraticelli. Le questioni fratesche diventano questioni sullo stato, sulla Chiesa e sui loro rapporti.    

D'altra parte viene introdotta dal papato una concezione teocratica che gli permette di intromettersi nelle contese feudali, ingrandendo a tal punto la concezione del potere spirituale da inglobare anche quella del potere temporale, questa è la risposta di una Chiesa intimorita da continue minacce politiche e religiose. Oltre alle confraternite di primo piano, come quella francescana, che hanno un ruolo di rilevante importanza nel quadro generale della situazione socio-politica del periodo, si diffondono nella seconda metà del 1200 movimenti ereticali che prendono spunto dalla corrente valdese e catara. Il gioacchinismo si basa sulle teorie elaborate dall'abbate Gioacchino da Fiore riguardanti l'avvento di una nuova era nel 1260, "l'età dello Spirito Santo", che avrebbe segnato il termine del caos generale degli elementi. La sua attesa è manifestata da una serie di pratiche religiose alternative, a cui prendono parte i "saccati" nella Provenza, i "giambonitani" e i "britti" nelle Marche, i "flagellanti" nell'Italia centro-settentrionale, gli "apostolici" seguaci di Gherardo Segalelli. In particolare questi ultimi lasciano la propria terra per vivere senza disciplina, senza capi né maestri. A questi stessi valori si ispirano i "dolciniani", al seguito di fra Dolcino, le cui prediche vanno dal Trentino alla Valsesia. L'azione dei dolciniani è però estremamente violenta, consistente nell'eliminazione fisica dei preti, dei frati, e dei pontefici romani e la comunità, forte di circa 4000 fedeli, viene quindi presto colpita dalla crociata bandita dal papa Clemente V. "Nel nome della rosa" di Umberto Eco fra Guglielmo descrive la Chiesa del periodo degli umiliati, degli albigesi, di San Francesco, di Dante ed Innocenzo III, come un fiume che trascina con sé le scorie della società che rispecchia, e quando si appresta a raggiungere il mare, il giudizio finale, si ramifica nell'ampio delta delle eresie: gli accapponi, i lotori, i protomedici, i pauperes verecundi, i morghigeri, gli affamiglioli, i crociarii, gli alacerbati, i reliquiari, gli affarinati, i falpatori, gli iucchi, gli spectini, i cochini, gli appezzenti e gli attarantati, gli acconi e gli admiracti, i mutuatori, gli attremanti, , i cagnabaldi, i falsibordoni, gli accadenti, gli alacrimanti e gli affarfanti...